La localidad tiene sus inicios en la Edad del Bronce, encontrándose restos de este periodo en los cortijos de Almazán, Lanzarino I y Cuatro Hermanas. Del periodo de la Edad del Hierro destaca la presencia de restos de la cultura ibérica. Como muestra de ello, los yacimientos ibéricos del Cerro de la Casa, Cerro de los Pollos y Cerro de San Cristóbal.

Existe la presencia de restos de época romana en diversas zonas del término municipal. No obstante, Lopera fue un lugar de segundo orden en la administración territorial romana. Su nombre en esta época era POLESI y formaba parte o dependía administrativamente del municipio de Obulco (Porcuna). El yacimiento mejor estudiado es el de la ciudad romano-visigótica de los "Morrones", que contaba con una basílica visigótica y estaba situada justo en el límite con el término de Cañete de las Torres. Existían dos vías romanas que cruzaban el término de Lopera, una al norte y otra al sur junto a Obulco.

El actual núcleo poblacional surgiría en torno a los siglos VIII y IX d.C. con el más que probable asentamiento del pueblo visigodo o musulmán en una de las faldas del Cerro de San Cristóbal. En 1240 Lopera fue conquistada por Fernando III El Santo, que arrebató de esta forma la localidad a los musulmanes.

Lopera estuvo bajo la jurisdicción de la Orden de Calatrava hasta el siglo XVI y durante todo este tiempo pasaron por Lopera varios comendadores, que fijaron su residencia permanente en el castillo. A mediados del siglo XVI Lopera tuvo como comendador a Don Juan Pacheco y Torres, hijo de Doña Marina Fernández de Torres, de quien existe un sepulcro en el altar mayor de la Iglesia Parroquial de la Purísima Concepción. El siglo XVI se caracteriza por el auge económico y poblacional así como el inicio de su independencia de las poblaciones de Porcuna y Martos. Durante toda esta época Lopera dependía de la encomienda de Martos y Porcuna, hasta que el rey español Felipe II decide declararla en 1595 como villa independiente. La independencia se materializó tras el pago que los vecinos hicieron a las arcas de la Hacienda Real.

En el siglo XIX se produce la desamortización de los bienes de la Iglesia, que fueron adquiridos en su mayor parte por burgueses que aumentaron así su patrimonio y dominio sobre el resto de la población. Entre estas personas hay que mencionar a Alonso de Valenzuela, diputado a Cortes en 1854 y alcalde de Lopera entre 1870 y 1874, quien en 1856 adquirió el castillo.

Una imagen típica del primer tercio del siglo XX era ver a los jornaleros desempleados en la plaza mayor del pueblo a la espera de que el capataz de turno los quisiera contratar. Fueron años caracterizados por un incremento de los conflictos sociales y de las continuas reivindicaciones laborales. En 1925 con la dictadura de Primo de Rivera se inicia la construcción de los Grupos Escolares, cuya consecución fue gracias a la iniciativa del alcalde de aquellos años y maestro nacional Martín Valcárcel.