Los primeros testimonios de la presencia humana en este municipio se remontan al IV milenio antes de Cristo, en las cuevas del Plato y la Chatarra, habitadas por un grupo de pastores que fabricaron cerámicas decoradas con incisiones. De la Edad del Bronce o Cobre Final es el poblado de la Campana cerca de la Venta del Charco.

Antiguo Hospital de la Orden de Santiago

En su término municipal se localiza el poblado de Cabeza Baja de Encina Hermosa, que se ha identificado con Ipolcobulcula. Un gran centro poblacional fortificado, de nueve hectáreas, fundado en un momento tardío de la cultura ibérica y que alcanzó su desarrollo en la etapa altoimperial romana, en el siglo I de nuestra era. Otro asentamiento de época ibérica y que se mantuvo en época romana es el de la Torre de la Gorgolla. A la etapa imperial corresponde la villa romana del Cortijo del Baño, en Venta del Carrizal.

Durante la etapa islámica fue conocido como Hins al-Uqbin, que unos traducen por Castillo de las Águilas y otros por Castillo de las Cuevas. Durante las últimas décadas del siglo IX y las iniciales del X, estuvo envuelta en la revuelta muladí. En el 918, el califa Abd Al-Rahman III aplastó la rebelión. Tras la ruptura de la unidad mantenida en el califato, Castillo de Locubín quedaría en manos de los ziríes de Granada y posteriormente en el distrito catastral encabezado por Alcalá la Real.

Por su posición fronteriza pasó varias veces de manos musulmanas a castellanas. En tiempos de las conquistas de Fernando III formó parte de los territorios de la Orden de Calatrava, constituyendo uno de los límites avanzados de la encomienda de Martos. Fue definitivamente conquistada por Alfonso XI en 1341 y cuatro años más tarde el rey firmaba en Burgos un privilegio por el que donaba el pueblo y castillo a la ciudad de Alcalá la Real, como merced a sus servicios.

Esta dependencia civil y religiosa de Castillo respecto a Alcalá la Real perduró hasta las primeras décadas del XIX. En el año 1600 los vecinos reclamaron por primera vez y sin éxito su segregación. En 1627 el rey Felipe IV vendía el lugar al marqués de Trujillo, lo que significaba su segregación. Pero esta situación duró poco: en 1693 pasa de nuevo a la Corona y en 1698 se reintegra a la jurisdicción alcalaína.

En 1729 se solicitaba mediante pleito la separación, pero nuevamente ganaron los argumentos de Alcalá la Real. En 1810 la consiguió pero por poco tiempo, ya que en 1814 pasa a depender de nuevo de Alcalá la Real. De nuevo se independizó en 1820 hasta 1823, y fue en 1835 cuando consiguió emanciparse definitivamente

Durante todo este periodo la población fue creciendo y afianzándose: si en 1627 contaba con una población de 400 vecinos a principios del XIX el número se elevaba a 1.075 y a finales la misma centuria eran 6.274 habitantes.

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